ECサイト・ネットショップ構築に使える補助金【2026年】

結論：ECで何を買うかによって補助金を分ける

ECサイトに使える補助金を探すときは、「ネットショップを作る」という一括りではなく、自社ECの制作・改修、受注・在庫・決済の業務システム、モールへの新規出店、広告・商品撮影に分けます。対象制度と経費区分がそれぞれ異なるためです。

小規模事業者が自社商品の販路開拓としてECを構築する場合は、小規模事業者持続化補助金が主な候補です。すでにECを運営しており、受注処理や在庫連携を効率化したい場合は、デジタル化・AI導入補助金2026の登録ITツールを確認します。

自治体には、ECモールの初期登録、自社ECの新規構築、既存サイトの改良を直接支援する制度があります。全国制度だけで決めず、事業所の市区町村名を入れて同時に検索してください。

自社EC・モール・業務システムを分けて見積もる

自社ECは、独自ドメインのサイトへ商品、カート、決済等を実装する方式です。モール型ECは楽天市場やAmazon等の既存市場へ出店します。同じネット販売でも、制作委託費、初期登録料、月額利用料、販売手数料、広告費の構成が違います。

さらに、顧客が見る販売画面と、社内で使う受注管理、在庫管理、顧客管理、会計連携は分けて考えます。持続化補助金は販路開拓のためのEC制作を扱い、デジタル化・AI導入補助金は登録済みソフトウェアによる業務プロセス改善を扱います。

制作会社の見積書に「ECサイト一式」とだけ書かれていると、どの制度のどの経費か判断できません。企画、デザイン、商品登録、カート、決済、受注・在庫連携、撮影、広告、保守を明細化します。

持続化補助金第20回はEC制作費を直接扱う

小規模事業者持続化補助金第20回の公募要領第8版では、販路開拓等のためのウェブサイトやECサイト、システムの開発、構築、更新、改修、運用に要する経費を「ウェブサイト関連費」としています。

通常枠全体の補助上限は50万円、補助率は3分の2が基本です。ただし、ウェブサイト関連費の補助金交付申請額の上限は30万円（税込）です。EC制作費が30万円までという意味ではなく、ウェブサイト関連費として申請する補助金額の上限が30万円です。

第19回まで広く使われた「補助金総額の4分の1・最大50万円」という説明は、第20回へそのまま使えません。2026年7月21日改訂の第20回公募要領を基準に予算を組み直します。

第20回は11月受付開始、様式4は先に締まる

第20回は2026年11月5日に申請受付開始、2026年12月15日17時に申請受付締切の予定です。地域の商工会・商工会議所へ依頼する事業支援計画書（様式4）は、2026年12月4日が発行受付締切です。

電子申請にはGビズIDプライムが必要です。商品構成、対象顧客、売上計画、ECの仕様、見積を整理してから様式4を依頼するため、12月に入ってから制作会社を探す工程では余裕がありません。

採択予定は2027年3月頃です。採択後にも見積書等の確認と交付決定があり、交付決定日より前にEC制作を契約・発注すると対象外になり得ます。公開希望日から逆算して、補助金を待てるか判断してください。

ECで対象になり得る費用と対象外費用

第20回では、商品販売のためのウェブサイト作成・更新、サイトやシステムの開発、顧客管理、業務効率化ソフト、明確な作業内容を伴うSEO、サイト掲載用の商品写真・動画等がウェブサイト関連費の対象例です。

一方、販売するためのソフトウェア開発、家庭・一般事務用ソフト、既存ソフトウェアの更新料、補助事業期間内に運用へ至らないサイト、画像の被写体となる商品そのものなどは対象外例です。

モールの初期登録料や月額利用料が持続化補助金で必ず認められるとは限りません。契約期間、サービス内容、販路開拓との関係を明細化し、申請回の事務局へ確認します。

ウェブサイト関連費だけでは申請できない

第20回では、ウェブサイト関連費だけでは申請できません。持続化補助金はEC制作会社への支払いを補助する制度ではなく、経営計画に基づく販路開拓等の取組全体を支援する制度だからです。

ECと組み合わせる経費は、商品開発、展示会、チラシ、設備など、実際の販売計画に必要なものを選びます。補助上限へ近づけるためだけに不要な経費を追加すると、事業計画と見積の一貫性が崩れます。

例えば、新商品の試作、撮影、EC販売、展示会での商談が一つの販路開拓計画としてつながる場合は説明しやすくなります。既存商品の販売画面だけを作る場合は、自治体のEC専用支援や補助金を使わない制作も比較します。

デジタル化・AI導入補助金はEC制作費と分ける

デジタル化・AI導入補助金2026の通常枠は、事務局へ登録されたIT導入支援事業者とITツールを使い、労働生産性を高める制度です。ソフトウェア購入費、クラウド利用料最大2年分、導入設定、研修、保守等が対象候補です。

ITツール登録要領では、ホームページ制作、サイト制作、WEBアプリ制作等の制作ツールに追加開発費を含むものや、ホームページと同様の簡易アプリ、広告宣伝費などを登録対象外としています。オーダーメイドのECサイトを一から作る費用が、そのまま対象になる制度ではありません。

一方、公式のITツール検索に登録された受発注、在庫、物流、決済、顧客管理等のソフトウェアは対象候補です。導入したいサービス名とITツール登録番号、対象機能、料金を申請前に確認します。

デジタル化・AI導入補助金2026の金額と期限

通常枠の補助率は2分の1以内が基本で、一定の最低賃金要件を満たす場合は3分の2以内です。1プロセス以上は補助額5万円以上150万円未満、4プロセス以上は150万円以上最大450万円です。

4次締切は2026年8月25日17時、交付決定は10月7日の予定です。交付決定前に購入したITツールは対象外で、IT導入支援事業者と申請マイページを通じて共同で手続きを進めます。

最大450万円は、EC運営者が一律に受け取れる金額ではありません。登録ITツールの価格、補助率、業務プロセス数、賃上げ要件等から申請可能額を計算します。

自治体のEC専用補助金は所在地から探す

2026年度も、市区町村がEC構築やモール出店を直接支援する例があります。潟上市の事業者ECサイト活用補助金は対象経費の2分の1以内、限度額20万円です。橋本市のECサイト構築事業も補助率2分の1以内、補助上限20万円で、新規自社EC、既存ECの改良、モール型ECへの新規登録を対象事業として示しています。

いわき市も2026年度にECサイトへの出店・出品または自社EC構築による新たな販路開拓を支援しています。制度名が同じでも、対象業種、所在地、初回利用、対象モール、募集期間、予算枠が異なります。

自治体制度は、国制度より補助額が小さくても、EC制作やモール出店を直接対象にし、申請書が比較的短い場合があります。所在地の自治体、商工会、商工会議所、産業支援機関を確認します。

ECの補助対象額を見積明細から計算する

補助金の計算は、見積総額へ補助率を掛けるだけではありません。対象外費用と消費税を除き、経費区分ごとの上限、補助率、全体上限を順に当てます。

持続化補助金第20回では、ウェブサイト関連費の補助金申請額が30万円へ達しても、通常枠全体の50万円との差額を自動的に受け取れるわけではありません。他の補助対象経費があり、計画と証拠が認められる必要があります。

デジタル化・AI導入補助金では、登録済みITツールの対象価格と導入役務から計算します。ECの制作総額と、登録ツールとして申請できる金額を分けた資金表を作ります。

発注前にECの仕様と証拠書類をそろえる

ECの補助金申請では、制作目的だけでなく、機能、成果物、販売開始日、価格妥当性を説明します。商品数、決済方法、会員機能、在庫連携、配送、返品、セキュリティ、データ移行を要件表へまとめます。

見積書は企画・設計・デザイン・開発・商品登録・撮影・広告・保守を分け、同じ仕様で比較できる状態にします。補助事業期間内に納品、検収、支払い、公開を証明できる工程にします。

採択後は、契約書、請求書、振込記録、納品書、公開画面、管理画面、広告実績を保存します。現金払い、個人名義アカウント、仕様と異なる納品は実績確認を難しくします。

ECは公開後の運用体制まで事業計画へ入れる

ECサイトを公開しても、商品情報、在庫、問い合わせ、発送、返品を担当する人がいなければ売上につながりません。アクセス数だけでなく、購入率、客単価、再購入率、出荷時間、欠品、返品率を確認します。

自社ECとモールでは集客方法が違います。自社ECは検索、広告、SNS、既存顧客への案内が必要です。モールは検索順位、レビュー、広告、手数料、価格競争を含めて採算を試算します。

受注増により発送作業や問い合わせが増える場合は、運用人員、梱包設備、在庫連携、配送会社との契約も準備します。補助金の対象外となるランニングコストを含め、12か月の損益計画を作ります。

EC補助金で対象外になりやすいケース

交付決定前に制作を契約・発注した、補助事業期間内に公開・支払いが終わらない、見積の内訳がない、会社案内だけで販路開拓を説明できない場合は、対象外や減額のリスクがあります。

持続化補助金では、50万円（税抜き）以上で作成・更新するウェブサイトやシステムが処分制限財産に該当し、通常は取得日から5年間、譲渡や目的外使用等が制限される場合があります。短期閉鎖や事業譲渡を予定する場合は確認が必要です。

同じEC制作費を国と自治体の両方へ重複申請できません。制度を併用する場合は、機能、契約、請求、支払いを分け、双方の事務局へ確認します。

ECサイト補助金でよくある質問

ECサイトという名称だけでは対象可否を判断できません。制作方法、登録ITツール、所在地、契約日、販売開始日から制度を選びます。