キャリアアップ助成金のデメリット・注意点【2026年度】

結論：助成額より先に7つの負担とリスクを確認する

キャリアアップ助成金は、有期雇用、短時間、派遣等の労働者の正社員化や処遇改善を行う事業主を支援する制度です。返済不要というメリットはありますが、助成金を受けるためだけに雇用条件を変えると、支給後も続く人件費や労務管理へ対応できなくなるおそれがあります。

主なデメリットは、取組前の計画、就業規則の整備、対象労働者の確認、賃金・勤怠記録、申請期限、入金までの資金負担、調査・保存対応です。これらは申請書を作る時点ではなく、正社員転換や処遇改善を決める前に確認します。

本記事は正社員化コースを中心にリスクを整理します。コース別の対象者や支給額を知りたい場合は制度解説と分け、この記事では「実行してから困らないか」「不支給や返還をどう防ぐか」を判断してください。

デメリット1：正社員化より前に計画と規則が必要

2026年度の公式案内では、キャリアアップ助成金を利用する場合、各コース実施日の前日までにキャリアアップ計画を作成・提出する必要があります。正社員化コースなら、正社員転換の前日までに提出できていなければ、後から計画を作って遡ることはできません。

キャリアアップ計画だけでなく、正社員への転換制度を就業規則または労働協約等へ規定し、その規定に基づいて転換します。書面上の規定を用意しても、対象者へ実際に適用する労働条件や運用が違えば支給要件を満たさない可能性があります。

転換候補日を先に決め、計画提出、労働者代表の意見聴取、就業規則の改定・届出、本人への説明、雇用契約の変更を時系列にします。実施日を早める場合は、前提となる手続きも完了しているかを再確認してください。

デメリット2：賃金と福利厚生の増加は支給後も続く

正社員化コースでは、転換後6か月の賃金を転換前6か月より3％以上増額することが要件です。さらにキャリアアップ助成金上の正規雇用労働者は、同じ事業所の正規雇用労働者に適用される就業規則が適用され、賞与または退職金の制度と昇給が転換時点で適用されることなどが求められます。

助成金は一時的な収入ですが、基本給、社会保険料の事業主負担、賞与、退職金積立、昇給、福利厚生は継続費用です。中小企業の重点支援対象者を有期雇用から正社員化した場合の80万円だけを見ず、対象者を今後何年雇用するかで総額を試算します。

たとえば月給を1万円上げると年12万円に加え、社会保険料、賞与連動分、残業単価等へ影響します。支給が遅れる場合や不支給の場合も賃金を減らす前提にはできないため、助成金がなくても継続できる処遇にします。

デメリット3：80万円は全員に一括支給されない

2026年度の正社員化コースでは、中小企業が有期雇用労働者を正社員化する場合、重点支援対象者は1人80万円で、40万円ずつ2期に分かれます。重点支援対象者以外は40万円で1期です。無期雇用からの転換は、それぞれ40万円または20万円です。

重点支援対象者は、雇入れから3年以上の有期雇用労働者、一定の正規雇用歴要件を満たす雇入れ3年未満の有期雇用労働者、派遣労働者、母子家庭の母等、対象訓練の修了者などに限られます。会社が支援したい人という意味ではありません。

正社員化後6か月の定着と賃金支払いを経て第1期を申請し、重点支援対象者はさらに6か月雇用して第2期を申請します。2期目までの雇用・賃金・申請管理を含めて資金計画を作ります。

デメリット4：対象労働者の確認項目が多い

対象者の雇用形態だけで支給可否は決まりません。雇入れ日、転換前の雇用期間、過去の正規雇用歴、事業主や関連会社との関係、派遣の場合の扱い、新規学卒者の経過期間などを確認します。

有期雇用が通算5年を超える場合は、助成金上、無期雇用労働者とみなされる点にも注意が必要です。重点支援対象者に該当するか、正社員化コースそのものの対象者か、助成額はいくらかを別々に判定します。

本人の申告だけでなく、雇用契約書、労働者名簿、職歴の申立てに必要な資料、派遣関係書類等で確認します。判断に迷う事情があれば、転換前に管轄労働局またはハローワークへ、具体的な雇用歴と予定日を示して照会してください。

デメリット5：書類の整合確認に時間がかかる

支給申請では、キャリアアップ計画、就業規則、転換前後の雇用契約書、労働者名簿、賃金台帳、出勤簿などを使って、日付、雇用区分、労働時間、賃金支払いの実態を確認します。申請書だけ整っていても、法定帳簿と一致しなければ審査で疑義が生じます。

厚生労働省の2026年度パンフレットは、出勤簿や賃金台帳について、事業場で調製している原本または原本を複写したものを求めています。原本から加工・転記した書類や、申請用に別途作った記録が明らかになれば不支給となります。

給与計算、勤怠、雇用契約、就業規則を別々の担当者が管理する会社は、毎月の締め後に対象者単位で照合します。差異を後から説明するより、欠勤、休業、手当、固定残業代、賞与等の扱いを発生時に記録する方が安全です。

デメリット6：支給申請期限を過ぎると取り戻せない

正社員化コースの支給申請は、正社員転換後6か月分の賃金を支払った日の翌日から起算して2か月以内です。転換日から単純に8か月後と覚えるのではなく、6か月分の賃金を実際に支払った日を基準に管理します。

給与締日と支払日、対象期間、休日による支払日の変更で期限が変わる可能性があります。第2期を申請できる重点支援対象者は、さらに6か月の雇用・賃金支払いと次の申請期限を別に設定します。

人事、給与、申請担当、社労士のうち誰が期限を管理するかを決め、賃金支払日の翌日に申請準備を始めます。電子申請を使う場合も、入力開始ではなく送信完了まで余裕を取り、提出控えを保存してください。

デメリット7：支給後も保存・調査対応が必要

助成金は支給決定で手続きが完全に終わるとは限りません。2026年度パンフレットでは、会計検査院の検査対象になる場合があり、労働局へ提出した支給申請書や添付書類の写し等を支給決定から5年間保存する必要があると案内されています。

審査時には実地調査で総勘定元帳等や法定帳簿の確認を求められる場合があり、予告なく調査が行われることもあります。調査へ協力しない場合や指定期日までに追加資料を提出しない場合は、不支給となる可能性があります。

紙と電子データの保管場所、保存責任者、退職者の引継ぎ、給与システム変更時の旧データ出力を決めます。社労士へ申請を依頼した場合も、会社側に同じ提出版を残してください。

不支給・取消しと不正受給を区別する

申請期限超過、対象者要件の不一致、賃金計算の誤り、必要書類不足などで支給要件を満たさなければ、不支給になることがあります。一方、不正受給は、偽りその他不正の行為により、本来受けられない助成金を受け、または受けようとすることです。

単純な記載ミスが直ちに不正受給と決まるわけではありません。ただし、事実と違う資料を作る、勤務実態や賃金を偽る、要件を満たさないことを知りながら申請するなど、不正行為があれば厳しい処分の対象になります。

誤りに気付いた場合は、自社の判断で書類を作り替えたり事実を遡って整えたりせず、提出前なら正しい原資料と公式様式を確認し、提出後なら速やかに管轄労働局へ相談します。相談日、説明した事実、回答を記録してください。

不正受給では全額返還・2割相当額・5年間の制限がある

厚生労働省は、不正に受給した助成金について全額返還を求めています。さらに不正受給日の翌日からの延滞金と、不正受給額の2割に相当する額を納付する必要があります。

不正受給決定日から5年間は、キャリアアップ助成金以外も含む雇用関係助成金を受給できません。全額を返納していない場合はこの期間が延長され、公表基準に該当すれば事業主名や代表者名等が公表されます。

申請代理人が関与していても、事業主名で申請する以上、会社が申請内容と雇用・就業実態の整合を確認する必要があります。「100％受給できる」など支給を保証する勧誘に頼らず、原資料と申請書を経営者または責任者が確認してください。

解雇・離職がある会社は助成金だけで雇用判断をしない

雇用関係助成金には、一定期間の解雇等や特定受給資格者となる離職が事業主要件へ影響する場合があります。対象労働者本人の退職であっても、退職理由と実態が一致する資料を残す必要があります。

助成金を受けるために必要のない雇用を続ける、または通常必要な人員整理を隠す判断は適切ではありません。経営上の雇用判断と助成金の支給要件を分け、解雇・雇止め・退職勧奨・自己都合退職の事実を正確に記録します。

支給対象期間の前後に離職がある場合は、対象者名、離職日、離職理由、ハローワーク上の判定、会社都合の有無を整理し、申請前に管轄窓口へ確認してください。

申請を見送った方がよいケースと代替策

助成金がなくても正社員化・処遇改善を実施する意思と資金がない場合、転換日までに計画・規則を整えられない場合、雇用・賃金・勤怠の記録に大きな不整合がある場合は、申請を急がない方が安全です。

人件費の継続負担より訓練費が課題なら人材開発支援助成金、事業場内最低賃金の引上げと設備投資を行うなら業務改善助成金など、取組目的に合う制度を比較します。同一の行為について複数の助成金を申請すると併給調整される場合があるため、対象範囲を分けます。

見送ることは処遇改善を否定する判断ではありません。まず就業規則、雇用契約、賃金・勤怠管理を整備し、次の転換候補者から要件に沿って準備する方法もあります。

キャリアアップ助成金のよくある質問

制度の利用を検討する事業主から多い疑問を整理します。個別の支給可否は、取組日の年度に対応した支給要領・パンフレット・様式と、管轄労働局またはハローワークの案内で確認してください。