両立支援等助成金の6コース・支給額・申請方法【2026年度】

両立支援等助成金を利用する前に知るべきこと

両立支援等助成金は、従業員が育児、介護、不妊治療、月経や更年期に起因する健康課題と仕事を両立できる職場環境を整え、対象労働者が実際に休業または制度利用をした事業主へ支給される助成金です。従業員本人へ直接支給される給付ではありません。

多くのコースは中小企業事業主が対象です。育休中等業務代替支援コースの手当支給等の一部は企業規模要件がないなど例外があるため、コース名だけで対象を決めず、2026年度の支給申請の手引きで事業主・労働者・取組の要件を確認します。

この制度では、就業規則に制度名を追加しただけでは支給されません。方針の周知、対象労働者との面談、支援プラン作成、休業・制度利用、原職等への復帰、継続雇用という一連の実績を資料で示す必要があります。

2026年度の6コースを目的から選ぶ

2026年度は、出生時両立支援、介護離職防止支援、育児休業等支援、育休中等業務代替支援、柔軟な働き方選択制度等支援、不妊治療及び女性の健康課題対応両立支援の6コースです。

男性社員が育休を取る場面と、育休中の業務を同僚が代替する場面は別のコースです。同じ休業を複数コースで申請できない組合せもあるため、「誰が、いつ、何日休み、会社が何を整え、誰が業務を代替したか」を先に整理します。

6コースの支給額を比較する

支給額はコースごとに定額、利用者数、利用期間、手当支給額などで決まります。見出しの最大額だけで選ぶと、対象者の休業日数や制度利用実績が合わないことがあります。

2026年度は、男性育休1人目20万円、育児休業等支援コースの育休取得時30万円・職場復帰時30万円、介護休業40万円、柔軟な働き方の制度利用20万円または25万円などが代表例です。

出生時両立支援コースの条件

男性労働者の育児休業取得では、育児・介護休業法上の雇用環境整備措置を複数実施し、育休取得者の業務代替に関する規定と体制を整えます。1人目は子の出生後8週間以内に開始する5日以上、2人目は10日以上、3人目は14日以上の育児休業が主な基準です。

支給額は1人目20万円、2人目・3人目は各10万円です。男性育休取得率の上昇等は、前事業年度の取得率が前々事業年度より30％以上上昇し、50％以上になる場合などに60万円が支給されます。

取得率上昇等は1事業主1回限りで、同一年度や同じ育休について申請できない組合せがあります。対象者数、出生年度、取得率の分母・分子を年度別に保存します。

介護離職防止支援コースの4つの支援

介護休業は、対象労働者との面談で介護支援プランを作成・実施し、連続5日以上の介護休業を取得させ、職場復帰後も申請日まで継続雇用する場合に40万円が主な支給額です。

介護両立支援制度は、時差出勤、短時間勤務、在宅勤務、フレックスタイム、介護サービス費用補助のうち、1制度を導入・利用すると20万円、2制度以上を導入して1制度以上を利用すると25万円です。

業務代替支援は、介護休業取得者の代替要員を新規雇用・派遣受入れした場合20万円、代替者へ手当を支給した場合は休業代替5万円、短時間勤務代替3万円が基準です。2026年度に新設された介護休暇制度有給化支援は30万円です。

育休取得・職場復帰は一続きで管理する

育児休業等支援コースは、育休取得時30万円と職場復帰時30万円の2段階です。職場復帰時は、育休取得時と同一の労働者・同一の育児休業が対象になります。

育休開始前に面談し、育休復帰支援プランを作成して業務を引き継ぎます。対象労働者が連続3か月以上の育児休業を取得し、休業中に業務情報を提供し、終了前面談を行い、原則として原職等へ復帰させます。

復帰日だけで申請できるわけではなく、申請日まで6か月以上継続雇用することが主な条件です。異動させる場合は、原職等復帰の定義と労働条件が要件を満たすか確認します。

育休中等業務代替支援コースの金額計算

育児休業取得者の業務を同僚が代替し手当を受ける場合、業務体制整備費は最大20万円、業務代替手当は支給した手当の3／4で最大240万円です。短時間勤務者の業務代替では、整備費最大20万円、手当の3／4で最大108万円です。

育休取得者の代替要員を新規雇用または派遣受入れする場合は、代替期間により7日以上の9万円から1年以上の81万円まで段階的に設定されています。求人や派遣契約を結ぶ前に、対象期間と業務代替の対応関係を整理します。

手当の名称だけではなく、誰のどの業務を、誰が、いつからいつまで代替し、いくら追加支給したかを示します。通常賃金に含まれていた手当を名称変更しただけでは、追加負担を説明できません。

柔軟な働き方と女性の健康課題への支援

柔軟な働き方選択制度等支援コースは、対象制度を3つ導入して利用すると20万円、4つ以上導入して利用すると25万円です。子の看護等休暇を有給化し、対象労働者が一定基準以上利用した場合は30万円です。

不妊治療及び女性の健康課題対応両立支援コースは、不妊治療、月経に起因する症状、更年期に起因する症状の3区分です。各区分について利用可能な制度を就業規則等に定め、両立支援担当者を選任し、対象労働者が合計5日（回）利用すると各30万円が主な支給額です。

健康情報は要配慮個人情報に当たり得ます。助成金資料を集める場合も、診断名を必要以上に社内共有せず、閲覧権限、保存場所、本人同意を決めて扱います。

申請は従業員の出来事から逆算する

両立支援等助成金には全コース共通の一つの申請日があるわけではありません。出生日、育休開始日、介護休業開始日、制度利用開始日、職場復帰日、継続雇用期間の満了日など、コースごとの基準日から申請期間を数えます。

年度途中で手引きや様式が差し替えられることがあります。厚生労働省の2026年度手引きは6月29日に差し替えられているため、保存済みPDFだけを使わず、提出直前に掲載日と様式版を再確認します。

必要書類と不支給を防ぐ確認点

共通して、就業規則・労働協約、雇用契約書、雇用保険の記録、出勤簿、賃金台帳、休業申出書、社内周知資料などが必要になります。コースに応じて、面談シート、育休復帰・介護支援プラン、代替業務一覧、手当規定、給与支払記録を追加します。

規程に制度があっても周知記録がない、面談日が休業開始後、支援プランが実態と合わない、復帰後6か月を待たずに申請した、代替手当が給与明細へ反映されていないといったずれは、支給判断へ影響します。

両立支援等助成金のよくある質問

従業員が育休を取っただけで自動的に支給される制度ではありません。育休前の雇用環境整備、業務体制、面談・プラン、必要日数、復帰後の雇用などをコース別に確認します。

就業規則の整備と助成金申請は、育児・介護休業法の義務を免除するものではありません。法定制度を満たしたうえで、助成金固有の追加要件を実施します。